MRIcro-Edu

MRIcro-Edu : un logiciel de visualisation d’images anatomiques et fonctionnelles

Marc Tartière, 12-01-2013

Les programmes de 1ère et de terminale S nécessitent l’utilisation d’images anatomiques et fonctionnelles du cerveau pour localiser les aires cérébrales, sensitives ( vision en 1ère ), motrices (de la volonté au mouvement en terminale S) et mettre en évidence la plasticité cérébrale.

La visualisation des données de neuroimagerie implique un traitement par logiciel. EduAnatomist est le logiciel gratuit de visualisation d’images cérébrales que l’on peut télécharger à partir du site de l’Ifé : acces EduAnatomist

Cependant, ce logiciel très performant mais gourmand en ressources (690 Mo), ne fonctionnent pas toujours sur certaines machines un peu anciennes.

Pour contourner cet obstacle, il existe un logiciel plus léger, MRIcro-Edu qui peut, dans la plupart des situations rencontrées, se substituer à EduAnatomist.

MRIcro est un logiciel élaboré par Chris Rorden, gratuit et téléchargeable ici. Cette version complète est en anglais et comporte des fonctionnalités trop poussées pour des élèves de 1ère ou de terminale.

Pour la rendre utilisable par des élèves de lycée, je l’ai traduite en français et , avec les conseils de Grégoire Molinatti (enseignant chercheur MFC, UM2 Montpellier), la version originale a été transformée en une version allégée (3,45 Mo) : MRIcro-Edu.

Installation de MRIcro-Edu :

Utilisation de MRIcro-Edu

 

MRIcro-Edu permet d’ouvrir des images anatomiques au format Analyze/hdr

 

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L’interface du logiciel MRIcro-Edu

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Exemple d’un patient atteint d’une paralysie du côté droit du corps à la suite d’un AVC : face, membre supérieur, membre inférieur. Image IRMsujet12212anatpathologieAVC_T2_J1.hdr issue de la banque Neuropeda.
Origine de l’image : Dr C.Rosso, Chef de clinique, Service des Urgences Cérébro-Vasculaires, APHP, Hôpital Pitié-Salpétrière, 75013, Paris, France).

Attention ! MRIcro ne donne pas toujours les images en convention neurologique (partie gauche du sujet située à gauche de l’image). Il arrive parfois que l’image soit affichée en convention radiologique (partie gauche du sujet affichée à droite de l’image = inversion). Il faut donc être très vigilent et utiliser les données fournies avec l’image. C’est le cas pour l’image montrée ci-dessus, qui s’ouvre dans MRIcro-Edu en convention radiologique (alors qu’elle s’ouvre en convention neurologique avec EduAnatomist).

On peut transformer l’image en convention neurologique pour que l’élève ne soit pas perturbé :

  • après avoir affiché l’image, cliquer sur le bouton "inverser droite et gauche". L’image s’inverse.

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  • Cliquer sur Fichier puis Enregistrer sous... ( rotation/clip/format/4D->3D). Une petite fenêtre apparaît en bas à gauche

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  • Cochez "Flip Left/Right" et sans rien toucher d’autre cliquer sur Save[Intel]

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  • Enregistrer alors votre image dans le dossier en lui donnat un nom différent afin de conserver l’image d’origine. Deux fichiers se créent dans le dossier : un fichier d’entête .hdr et le fichier image .img.

L’ouverture du fichier .hdr donnera directement l’image en convention neurologique.

 

Le logiciel MRIcro-Edu permet de superposer une image fonctionnelle à l’image anatomique pour mettre en évidence les zones actives.

La zone active est visualisée en utilisant les valeurs positives avec des seuils inférieurs et supérieurs à peu près équivalents à ceux préconisés pour EduAnatomist.

Premier exemple : Images de la banque Neuropeda

  • Image anatomique : IRMsujet13112anat.hdr
  • Image fonctionnelle : IRMsujet13112fonctionMotriciteMainDroiteVersusGauche.hdr

        - Seuil inférieur : 70% donc 3.69 en théorie. Il faut par tâtonnement adapter la valeur : dans ce cas 3.5 permet une meilleure visualisation .
        - Seuil supérieur : 100% donc 5.28

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Main Droite versus Gauche

Deuxième exemple : Images de la banque Neuropeda

    Image anatomique : IRMsujet13112anat.hdr
    Image fonctionnelle : IRMsujet13112fonctionMotriciteMainGaucheVersusDroite.hdr
        Seuil inférieur : 80% donc 4.2 en théorie.
        Seuil supérieur : 100% donc 5.35

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Main Gauche versus Droite

Origine des images : Anton Jean-Luc, Centre d’Imagerie par Résonance Magnétique Nucléaire fonctionnelle, CHU la Timone, 264 Rue St Pierre, 13 385 Marseille Cedex 05, France.
Centre Nationale de la Recherche Scientifique, Universités d’Aix-Marseille (U1, U2, U3) et Assistance Publique des Hôpitaux de Marseille. http://irmfmrs.free.fr/

N.B. : Afin de travailler avec des images de la banque NeuroPeda, mais non présentes dans la version téléchargeable, il est possible de récupérer ces images : en effet, EduAnatomist stocke dans le cache de windows les images déjà téléchargées.

  • Télécharger, par le biais d’Eduanatomist, les images souhaitées.
  • Récupérer ces images dans un dossier "temp" de windows (chemin qui change en fonction des postes et du système d’exploitation, mais en général : C :\Utilisateur ou documents ans setings\nom_de_session\AppData\Local\Temp). Ce chemin mène à un dossier caché, qui doit être au préalable rendu visible (voir les options des dossiers).
  •  Placer ces images dans un dossier, sans oublier de prendre le fichier avec les extensions .img ou .ima (l’image) et aussi le fichier .hdr (fichier annexe).
  • Ouvrir les images ainsi récupérées avec MRIcro-Edu.

 

 

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